伯杰氏鑒定手冊
《伯杰氏系統細菌學手冊》(Bergey’s manual of systematic bacteriology(second edition,2004)
一本有代表性的、參考價值極高、比較全面系統的細菌分類手冊。由美國布瑞德(Breed)等人主編。1923年第1版，后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974年相繼出版了第2至第8版，每個版本都反映了當時細菌學發展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14個國家的細菌學家參加了編寫工作，對系統內的每一屬和種都做了較詳細的屬性描述。近年來，由于細胞學、遺傳學和分子生物學的滲透，大大促進了細菌分類學的發展，使分類系統與真正反映親緣關系的自然體系日趨接近。第9版(1984，1986)中實質性的變化，象征著細菌分類學的發展進入新的階段。第一，手冊更名，原書名為《伯杰氏鑒定細菌學手冊》(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology)，第9版由于內容增加，范圍擴大，提高了手冊的實用性，同時指出各類細菌間的關系，所以改名為《伯杰氏系統細菌學手冊》;第二，由1卷分成4卷，這是考慮到能及時反映新進展和使用者的方便;第三，細菌在生物界的地位，8、9版間無變動，但它們的高級分類單位有很大變化(見下表)，尤其嗜鹽細菌和產甲烷細菌，根據胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌門，古細菌綱;第四，趨近自然體系，在各級分類單位中全面應用核酸研究;在表型特征的基礎上，以DNA資料給予決定性的判斷。使人為的分類體系過渡到自然體系的理想進一步付諸實現。
細菌高級分類單位
原核生物界(Procaryotae)
薄壁菌門(Gracilicutes)
暗細菌綱(Scotobacteria)
無氧光細菌綱(Anoxyphotobacteria)
產氧光細菌綱(Oxyphotobacteria)
厚壁菌門(Firmicutes)
厚壁菌綱(Firmicuteria)
放線菌綱(Thallobacteria)
軟壁菌門(Tendericutes)
柔膜菌綱(Mollicuteria)
疵壁菌門(Mendosicutes)
古細菌綱(Archacobacter
伯杰氏系統細菌學手冊(2004版)
Bergey's manual of systematic bacteriology (second edition,2004)
伯杰氏系統細菌學手冊
伯杰氏系統細菌學手冊"第二版的分類?
伯杰氏系統細菌學手冊(2004版)
Bergey's manual of systematic bacteriology (second edition,2004)
伯杰氏系統細菌學手冊
第二版的系統細菌學手冊(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)，包括五冊，共30sections，主要根據細菌的rRNA、DNA及蛋白質序列進行分類。
第一冊為古細菌、藍綠藻菌、光合作用菌和具分支菌屬。
第二冊為Proteobacteria。
第三冊為G+C值低的革蘭氏陽性菌。
第四冊為G+C值高的革蘭氏陽性菌。
第五冊為Planctomycetes、Spirochaetes、Fibrobacters、Bacteroides、Fusobacteria。
從1984年第一版開始發行以來，細菌分類已取得了巨大進展，新命名的種成倍增加、新描述的屬也在170個以上，尤其是80年代末以來，rRNA、DNA、蛋白質序列分析方法日趨實用，因而為細菌的系統發育積累了不少新的資料。因此已經有可能對其第一版進行新的修訂。第二版預計分5卷出版，從已報導的資料看，它更多地依靠系統發育資料對細菌分類群的總體安排進行了較大的調整。第二版將原核生物分為30組，5卷大致的內容安排如下：?
第一卷：1～14組。包括古生菌、藍細菌、光合細菌和最早分支的屬?
第二卷：15～19組。包括變形桿菌(屬革蘭氏陰性真細菌類)?
第三卷：20～22組。包括低G+C含量的革蘭氏陽性細菌?
第四卷：23組。包括高G+C含量的革蘭氏陽性細菌(放線菌類)?
第五卷：24～30組。包括浮霉狀菌、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌(屬革蘭氏陰性細菌類)?
有關系統手冊第二版的.分類大綱見下表?
表 伯杰氏系統細菌學手冊第二版分類綱要
分類群 代表屬
一、古生菌、藍細菌、光合細菌和最早分支的屬古生菌
嗜泉古生菌界(Crenarchaeota)
1 組 熱變形菌、硫化葉菌和嗜壓菌 熱變形菌屬(Thermoproteus)、硫化葉菌 屬(Sulfolobus)
廣古生菌界 (Euryarchaeota)
2 組 產甲烷菌 甲烷桿菌屬(Methanobacterium)
3 組 鹽桿菌 鹽桿菌屬(Halobacterium)、鹽球菌屬(Halococcus)
4 組 熱原體 熱原體屬(Thermoplasma)等
5 組 熱球菌 古生球菌屬(Archaeoglobus)、熱球菌屬(Thermococcus)
最早分支的屬
細菌(真細菌)
6 組 產液菌和有關的細菌 產液菌屬(Aquifex)、氫桿菌屬(Hydrogenobacter)
7 組 熱袍菌和地袍菌 熱袍菌屬(Thermotoga)、地袍菌 屬(Geotoga)、熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)
8 組 異常球菌 異常球菌屬(Deinococcus)
9 組 棲熱菌 棲熱菌屬(Thermus)、磁桿菌屬(Magnetobacterium)
10組 產金色菌 產金色菌屬(Chrisiogenes)
11組 綠屈撓菌和滑柱菌 綠屈撓菌屬(Chloroflexus)、滑柱菌屬(Herpetosiphon)
12組 熱微菌 熱微菌屬(Thermomicrobium)
13組 原綠藍細菌和藍細菌 原綠藍細菌屬(Prochloron) 、聚球藍細菌屬(Synechococcus)、顫藍細菌屬(Oscillatoria)、魚腥藍細菌屬(Anabaena) 、念珠藍細菌屬(Nostoc)、真枝藍細菌屬(Stigonema)等
14組 綠菌 綠菌屬(Chlorobium)、暗網菌屬(Pelodictyon)
二、變形桿菌
細菌
變形桿菌界 (Proteobacteria)
15組 α?變形桿菌 紅螺菌屬(Rhodospirillum)、立克次氏體屬(Rickettsia)、柄桿菌屬(Caulobacter)、根瘤菌屬(Rhizobium)、布魯氏菌屬(Brucella)、硝化桿菌屬(Nitrobacter)、甲基桿菌屬(Methylobacteriun)等
16組 β?變形桿菌 奈瑟氏菌屬(Neisseria)、產堿桿菌 屬(Alcaligenes)、亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)、嗜甲基菌屬(Methylophilus)、硫桿菌 屬(Thiobacillus)、伯克霍爾德氏菌屬(Burkholderia)等
17組 γ?變形桿菌 著色菌屬(Chromatium)、亮發菌屬( Leucothrix)、軍團菌屬(Legionella)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、固氮菌屬(Azotobacter )、弧菌屬(Vibrio)、埃希氏菌屬(Escherichia)、克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、變形桿菌屬 (Proteus)、沙門氏菌屬(Salmonella)、志賀氏菌屬(Shigella)、伊爾森氏菌屬(Yersinia) 、嗜血桿菌屬(Haemophilus)
18組 δ?變形桿菌 脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)、蛭 弧菌屬(Bodellovibiro)、粘球菌屬(Myxococcus)、多囊菌屬(Polyangium)
19組 ε?變形桿菌 彎曲桿菌屬(Campylobacter)、螺桿菌屬(Helicobacter)
三、低G+C含量的革蘭氏陽性細菌
20組 梭菌和有關的細菌 梭菌屬(Clostridium)、消化鏈 球菌屬(Peptostreptococcus)、真桿菌屬(Eubacterium)、脫硫腸狀菌屬(Desulfotomaculum )、韋榮氏菌屬(Veillonella)等
21組 柔膜菌 枝原體屬(Mycoplasma)、尿原體屬(Ureaplasma)、螺原體屬(Spiroplasma)、無膽甾原體屬(Acholeplasma)
22組 芽孢桿菌和乳桿菌 芽孢桿菌屬(Bacillus)、顯核菌屬(Caryophanon)、類芽孢桿菌屬(Paenibacillus)、高溫放線菌屬(Thermoactinomyces)、乳桿菌屬( Lactobacillus)、鏈球菌屬(Streptococcus)、腸球菌屬(Enterococcus)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、利斯特氏菌屬(Listeria)
四、高G+C含量的革蘭氏陽性細菌
23組 放線桿菌綱(Actinobacteria) 放線菌屬(Actinomyces)、微球菌屬(Micrococcus)、節桿菌屬(Arthrobacter)、棒桿菌屬(C orynebacterium)、分枝桿菌屬(Mycobacterium)、諾卡氏菌屬(Nocardia)、游動放線菌屬(A ctinoplanes)、丙酸桿菌屬(Propionibacterium)鏈霉菌屬(Streptomyces)、高溫單孢菌屬( Thermomonospora)、弗蘭克氏菌屬(Frankia)、馬杜拉放線菌屬(Actinomadure)、雙歧桿菌 屬(Bifidobacterium)
五、浮霉狀菌、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌
24組 浮霉狀菌、衣原體和有關的細菌 浮霉狀菌屬(Planctomyces)、衣原體屬(Chlamydia)
25組 螺旋體 螺旋體屬(Spirochaeta)、疏螺旋體屬(Borrelia)、 密螺旋體屬(Treponema)、小蛇菌屬(Serpulina)、鉤端螺旋體屬(Leptospira)
26組 絲狀桿菌 絲狀桿菌屬(Fibrobacter)
27組 擬桿菌 擬桿菌屬(Bacteriodes)、卟啉單胞菌屬(Porphyromonas)、普雷沃氏菌屬(Prevotella)
28組 黃桿菌 黃桿菌屬(Flavobacterium)
29組 鞘氨醇桿菌、屈撓桿菌和噬纖維菌 鞘氨醇桿菌屬(Sphingobacterium)、屈撓桿菌屬(Flexibacter)、噬纖維菌屬(Cytophaga)
30組 梭桿菌 梭桿菌屬(Fusobacterium)
第二版更多地采用核酸序列資料對分類群進行新的調整，無疑這是細菌系統發育分類的重大進展，但另一方面，我們也應看到：在某些類群中，由于序列特征與某些重要的表型特征相矛盾，這將給主要按表型特征進行細菌鑒定帶來新的困難，如何解決這些問題 ，有待進一步研究。
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